Марсилия е най-стария град във Франция. Според Тукидит тя е основана около 600 пр. н. е. от древногръцките колонисти от Фокея, Мала Азия, които я наричат Масалия (Μασσαλία). Легенда разказва за любовта на девойката Гуптис, дъщеря на Лигурийския Цар Нан към мореплавателя Протис от Мала Азия. Младата двойка получила от Нан като сватбен подарък земя на морския бряг, където те положили основите на бъдещата Марсилия. Така градът е резултат от съюза на елинските колонисти с местното лигурийско племе. Колонията се разраснала бързо и станала посредник в търговията между Галия и Средиземноморието. Масалия е съюзник на Рим и това спомогнало за стопанския възход на града и относително дългото запазване на независимостта му. През 49 пр. н. е. Масалия е обсадена и превзета от Гай Юлий Цезар, който я присъединява към провинция Нарбонска Галия. През римско време градът бил наречен Масилия (Massilia). В І век от н. е. в града започва да се разпространява християнството. През V век Западната Римска Империя губи Масилия и цялата област Прованс, които са завладени от Вестготското кралство. В средата на VІ век тя става част от Франкската Империя. От Х век се владее от графовете на Прованс, които от ХІ век са преки васали на Свещената Римска Империя. През 1246 граф на Прованс става Шарл от френската Анжуйска династия. Градът бил преименуван на Марсилия (на френски: Marseille /Марсей/; на окситански: Marselha /Марселя/). През 1481 Марсилия и Прованс са присъединени към Френското кралство, след като последният анжуйски граф умира без наследници и завещава територията си на френския Крал Луи ХІ. Древните гръцки и римски руини днес са само малка част от забележителностите на третия по големина френски град. Музеят за история на Марсилия (Musee d’histoire de Marseille) представя експонати, свързани с историята на града още от основаването на Масалия. Намира се на старото пристанище.