През октомври 1914 обаче между тях настъпва разрив поради различия във вижданията за човешката психика. Юнг се разделя със своя учител и развива самостоятелно идеите си, които се различават доста от психоанализата на Фройд. Създава свое направление в психологията, наречено аналитична психология, което има много последователи в цял свят. През 1948 основава Института Юнг в Цюрих, където работи до смъртта си. Още през 1913 Юнг започва да си води бележки в малки дневници, където записва всичко, което чувства, вижда и чува. След това преписва дневниците си в подвързаната с червена кожа книга, като я украсява с рисунките си. Червената книга е била създадена между 1914 и 1930. Той работи над нея цели 16 години с известни прекъсвания. Книгата е продукт на интроспективния метод, разработен от Юнг, известен като “активно въображение”. Този метод оказва огромно влияние върху развитието на изкуството от средата на ХХ век до наши дни. В произведението си той разказва за резултатите от това вътрешно пътуване в дълбините на подсъзнанието си. То е практическо отражение на теориите на Юнг, развиващи идеята за архетипите, личното и колективното несъзнавано, анимуса и анимата, сянката и либидото. Всички психолози знаят за съществуването на това произведение на ученика, превърнал се впоследствие в съперник на Зигмунд Фройд, но само десетина са имали шанса да го видят лично, защото Юнг не издава книгата си преживе, нито оставя указания какво да се прави с ръкописа му. Неговите наследници отказват да го показват и публикуват. Дори през 1984 той бива преместен в банков трезор. Внукът на Юнг Улрих Хорни решава да я публикува чак в 2007, когато книгата била сканирана. На 7 октомври 2009 тя е публикувана от Фондация Филемон (Philemon Foundation) като фототипно издание на немски в допълнение с английски превод и с увода и бележките на Лондонския историк Сону Шамдасани. На същия ден Rubin Museum of Art в Ню Йорк показват на света оригиналния ръкопис на Юнг заедно с малките му дневници в изложба, продължила от 7 октомври 2009 до 15 февруари 2010. В Европа за пръв път те са били показани на изложба в Музея Ритберг (Rietberg) в Цюрих от 7 декември 2010 до 20 март 2011.