Митницата във Варна е създадена през 1878 почти веднага след Освобождението. Още през 1879 тя става Варненска първокласна митница. Тъй като Варна е най-голямото пристанище на Княжество България, през нея минава голяма част от вноса и износа на младата държава. Старата митническа сграда се е намирала на мястото на източното крило на зданието на БМФ. Тя била построена около 1885. Строежът на новата голяма и представителна сграда на Митница Варна започва още  в 1908, но малко преди да бъде открита, започват войните и тя остава недовършена. Така официалното откриване на новата Митница Варна става в началото на 1926. Доста дълги години тази сграда, която беше архитектурен паметник, въобще не се поддържаше. Условията за работа в нея бяха доста лоши, а приемната за фирмите беше много тясна. Едва през 2004 сградата на митницата е реставрирана и възстановена в първоначалния си вид, а условията за работа вече са чувствително подобрени.